A organização e o funcionamento da UECE serão regidos pelas disposições dos seguintes diplomas legais e regimentais:

I - o Estatuto, que contém as definições  e formulações básicas;

II - o Regimento Geral, que regula, a partir do Estatuto, o funcionamento da Universidade como um todo e os aspectos comuns da vida universitária;

III - os regimentos e regulamentos específicos, que complementam o Regimento Geral quanto ao funcionamento dos colegiados superiores, quanto à definição e atribuições dos órgãos administrativos que integram ou venham a integrar a Reitoria, e quanto às características próprias dos Centros, Faculdades e Institutos Superiores. 

Os regimentos e regulamentos previstos neste artigo poderão desdobrar-se em normas acadêmicas e administrativas a serem aprovadas pelos órgãos colegiados deliberativos superiores.

A UECE é organizada com observância dos seguintes princípios:

I - unidade patrimonial e administrativa;

II - Cultivo das áreas fundamentais dos conhecimentos humanos, estudadas em si mesmas ou em razão de ulteriores aplicações, e de uma ou mais áreas técnico-científicas;

III - indissociabilidade entre ensino, pesquisa e extensão;

IV - racionalidade organizacional, com plena utilização de recursos humanos e materiais, vedada a duplicação de meios para fins idênticos ou equivalentes;

V - funcionalidade de estrutura orgânica, configurada em unidades administrativas de ensino, pesquisa e extensão denominadas Centros, Faculdades e Institutos Superiores;

VI - flexibilidade de organização administrativa e didático-pedagógica, desenvolvendo projetos interdisciplinares no ensino, na pesquisa e na extensão, adequados às necessidades da sociedade;

VII - democratização de gestão, assegurada a existência de órgãos colegiados deliberativos dos quais participarão segmentos das comunidades institucional, local e regional.