Art.5º	O Conselho Diretor é o órgão maior de administração da FUNECE e será composto: I - do Reitor da UECE, como seu Presidente nato; II - do Vice-Reitor da UECE, como seu Vice-Presidente nato; III - de um (1) representante de cada uma das diferentes categorias funcionais de docência e de pesquisa existentes na UECE; IV - de um (1) representante do corpo discente; V -  de um (1) representante dos grupos ocupacionais: ANS; SES; ADO e ATS; VI - de três (3) representantes dos Diretores dos centros, Faculdades e Institutos Superiores; VII - de três (3) membros, de livre nomeação do Governador do Estado, escolhidos dentre cidadãos de ilibada reputação e notória competência administrativa.
& 1º	Os representantes das categorias funcionais de docência e de pesquisa, dos corpos discente e técnico-administrativo e dos Diretores de Centros, Faculdades e Institutos Superiores, serão escolhidos na forma do que dispuser o Regimento Geral.
& 2º	O mandato dos membros referidos no item VII deste artigo será de quatro (4) anos, permitida uma recondução para o período imediatamente subsequente.
& 3º	As deliberações do Conselho Diretor serão tomadas por maioria de votos, presente a maioria absoluta de seus membros.
& 4º	O Conselho Diretor reunir-se-á, ordinariamente, quando convocado pelo seu Presidente ou por solicitação da maioria absoluta de seus membros.

Art.6º

Compete ao Conselho Diretor estabelecer as políticas e diretrizes gerais da FUNECE, bem como promover a viabilização de planos, programas e projetos que visem ao fortalecimento institucional da UECE e suas unidades operacionais e, de modo específico: I - elaborar e aprovar o seu próprio Regimento; II - deliberar sobre a administração dos bens da Fundação; III - homologar os planos, programas, projetos e resoluções do Conselho Universitário da UECE referentes a matéria econômico-financeira, promovendo a compatibilização de objetivos, metas e estratégias com as políticas e diretrizes gerais da UECE; IV - aprovar a aplicação de recursos e a realização de operações de crédito; V - aprovar a realização de convênios, acordos, contratos e ajustes, com entidades públicas ou privadas que importem compromisso para a Fundação; VI - decidir sobre a  aceitação de doações e subvenções de qualquer espécie; VII - examinar, apreciar e decidir, no primeiro trimestre de cada ano, com o parecer prévio do Conselho Curador, sobre a prestação de contas da Reitoria da UECE referente ao exercício anterior; VIII - examinar e deliberar, no primeiro trimestre de cada ano, sobre o relatório Anual de Atividades da UECE; IX - aprovar a proposta do orçamento para o exercício seguinte, atendidas as normas emanadas do órgão central de planejamento do Estado do Ceará; X - autorizar créditos complementares, suplementares ou extraordinários, a pedido do Presidente e por ele justificados; XI - definir e velar pela execução da política do pessoal da FUNECE, inclusive aprovando a proposta do Plano de Cargos e Carrreiras e as respectivas alterações, bem como manuais e normas procedimentais pertinentes; XII - resolver sobre recursos contra decisões do Reitor da UECE e do Presidente da FUNECE ou contra resoluções dos demais órgãos de deliberação coletiva que envolvam matéria de natureza econômico-financeira e administrativa; XIII - apreciar os vetos do Presidente às suas próprias resoluções, só podendo ser o mesmo rejeitado pelo voto de dois terços (2/3) de seus membros; XIV - resolver os casos omissos que digam respeito a assuntos de natureza econômico-financeira e administrativa ou a outros assuntos de sua competência.